De acordo com a medida provisória nº 726, de 12 de maio de 2016, sancionada pelo presidente em exercício Michel Temer, foram extintas as secretarias de Portos e de Aviação Civil da Presidência da República. Ambas passaram a integrar o Ministério dos Transportes, que agora se chama Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil.
Ainda, segundo a medida, toda a estrutura organizacional das secretarias passou a integrar o novo ministério. Como consequência, foram extintos os cargos de ministro de estado chefe da Secretaria de Portos e de ministro de estado chefe da Secretaria de Aviação Civil.
O Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil fica a cargo de Maurício Quintella Lessa, advogado que até então ocupava a posição de deputado federal pelo estado de Alagoas.